承接第一集,賀英(甄子丹 飾)、薩獒(王寶強 飾)及聶虎(喻亢 飾)於青馬大橋惡戰,賀英中彈與薩獒雙雙墮海,下落不明。元龍(任達華 飾)已晉升為香港警務處長,並動用大批警力,成功找到賀英。
元龍得悉賀英想運用時空金球回到400年前,改變歷史拯救桃園村村民,他於是帶同賀英與聶虎前往北京尋找時空金球的下落。元龍急於回到明朝成其大事,賀英不從,最後以小美性命(黃聖依 飾)要脅英說出口訣,重啟金球穿越回到明朝
謀朝篡位。
最後金球順利把龍虎二人送回明朝,賀英與小美卻在不同時空穿越,幸而趕及在元龍的詭計得逞之前回到桃園村。眼看距離歷史發生屠村的日子漸近,賀英下定決心嘗試改變歷史……